La base de données Arthemis
Arthemis DB@se est une base de données en ligne qui livre de l’information taxinomique, biologique, écologique, géographique et génétique facilitant la caractérisation d’une grande diversité arthropodes d’intérêts environnemental et économique à travers le monde.
Arthemis a été créée en 2010 par 2 chercheurs du CBGP (Jean-Yves Rasplus & Astrid Cruaud) sous le nom de QBANK pour encadrer le projet QBOL (Quarantine Barcoding of Life) [CBGP / URZF / Pays-Bas], projet axé sur la caractérisation génétique des organismes de quarantaine pour l’Europe grâce la constitution d’une banque ADN diagnostic de référence. La base de données et son site web QBANK sont hébergés et gérés par l’OEPP / EPPO depuis 2019 : le CBGP en est toujours le curateur sous la responsabilité de Jean-Claude Streito et Éric Pierre pour le volet Arthropodes (EPPO Qbank Arthropods). Entre temps, Arthemis DB@se est devenue l’interface web du CBGP en juin 2015 : elle intègre aujourd’hui les données des nombreux projets de l’Unité portant sur les arthropodes (y compris celles de QBANK), ainsi que des données mutualisées avec d’autres Unités de Recherches (UMR PVBMT La Réunion).
Arthemis héberge entre autres les données :
des espèces nuisibles aux plantes cultivées, aux forêts et aux denrées stockées parmi lesquelles figurent de nombreuses espèces envahissantes et de quarantaine pour l’Europe ;
des prédateurs et parasitoïdes naturels des ravageurs dont un certain nombre utilisé ou potentiellement candidat en lutte biologique ;
des espèces d’intérêt patrimonial dont la conservation est préoccupante et menacée pour lesquelles des mesures de protection doivent être prises.
Arthemis est à la fois une plateforme locale de gestion des spécimens de collections déposées au CBGP et une interface web libre proposant des outils de diagnostic principalement destinés aux professionnels de l’Agriculture et aux scientifiques. L’interface propose notamment :
un outil d’identification moléculaire des espèces permettant de comparer la séquence d’un fragment d’ADN mitochondrial (barcoding, principalement le gène COI) à notre librairie de référence constituée et validée par le CBGP, avec l’appui de tout un réseau d’experts nationaux et internationaux (entomologistes, acarologues, généticiens et bio-informaticiens) ;
des fiches didactiques documentées et illustrées pour un certain nombre d’espèces permettant de les reconnaître au champ et au laboratoire.
Arthemis joue un rôle important dans l’épidémiosurveillance des organismes émergeants en proposant des outils facilitant l’identification d’organismes clefs dans certaines crises sanitaires. On pense à l’arrivée de la bactérie Xylella fastiosa en Europe : La détection précoce des vecteurs (insectes hémiptères) capables de transmettre la maladie et la gestion pluriannuelle des échantillons en base de données à l’échelle d’un territoire ont contribué à affiner la modélisation et la prédiction de la propagation de la maladie en France et en Europe (voir diaporama ci-dessous). Enfin, les outils de recherches et les requêtes exécutables en ligne que la base peut générer permettent de dresser des listes d’espèces et de consulter divers niveaux d’information à tout moment.
⚠️ Arthemis est en constante évolution et fait l’objet d’une veille scientifique et technique quasi quotidienne : elle est régulièrement implémentée d’informations nouvelles visant à combler les lacunes, à rectifier les erreurs et à fournir des informations pertinentes et fiables pour améliorer la caractérisation des espèces d’intérêt agronomique.
Éric Pierre & Jean-Claude Streito, 19 September, 2024